1994年に茨城県水戸市で設立。1997年にプリマハム土浦FCと合併し、現在の「水戸ホーリーホック」となった。クラブ名は水戸市のシンボルである葵（タチアオイ／ホーリーホック）に由来し、徳川御三家・水戸藩の葵の御紋との繋がりも持つ。

2000年にJ2リーグへ参入して以来、一度もJ1昇格もJ3降格も経験せず、26シーズン連続でJ2に在籍するという前人未到の記録を築いた。過去最高順位はわずか7位（2003年・2019年）、昇格プレーオフにすら出場したことがなかった。財政規模はJリーグの中でも小さく、J1を目指す他クラブへの通過点、いわば「J2の番人」と呼ばれることもあった。

しかし、その長い忍耐の日々は2025年にようやく報われることになる。

資金力で劣る水戸が長年にわたって存在感を示してきた理由は、「育成の水戸」という独自のアイデンティティにある。J1クラブから期限付き移籍で若手選手を受け入れ、実戦で鍛え上げてから送り出すという循環を確立。前田大然（セルティック→横浜FM）、小川航基（NEC→横浜FM）、伊藤涼太郎（浦和→シントトロイデン）など、水戸で飛躍のきっかけを掴み、その後日本代表や海外クラブで活躍する選手を数多く輩出してきた。

近年はクラブ独自の育成にも力を入れ、アカデミー出身選手のトップチーム昇格も増加。「育てる」だけでなく「勝つ」チームへの転換が、J1昇格の原動力となった。

2025年11月29日、最終節で大分トリニータを2-0で破り、クラブ史上初のJ2優勝とJ1昇格を同時に達成した。V・ファーレン長崎と勝ち点70で並んだが、勝数の差で上回り逆転優勝。J2参入から26年目という歴代最長の期間を経ての昇格は、日本中のサッカーファンの感動を呼んだ。

森直樹監督（2024年5月就任）は「育成」と「勝利」の両立を掲げ、チームを戦う集団へと変貌させた。森監督は2025シーズン限りで退任しフットボールダイレクターに就任、後任には水戸のアカデミーやコーチとして長年クラブに関わってきた樹森大介が新監督に就任し、J1初挑戦に臨む。

水戸市立競技場をホームスタジアムとして使用し、命名権によりケーズデンキスタジアム水戸の愛称で親しまれている。収容人数は12,000人で、J1クラブの中では最小規模のスタジアム。コンパクトな分だけピッチとの距離が近く、選手の息づかいが聞こえるような臨場感が魅力だ。

水戸市は人口約27万人で、J1ホームタウンとしては最小クラスの都市。小さな街から日本のトップリーグに挑むという物語自体が、クラブの最大の個性であり、地域の誇りとなっている。