1950年創設。2002年から2008年にかけてフランスサッカー史上唯一のリーグ7連覇を達成し、その時代はフランスの絶対王者として君臨した。ジュニーニョ・ペルナンブカーノ、ミカエル・エシアン、カリム・ベンゼマらがこの黄金期を支えた。

しかし近年は経営面で苦境に立たされた。ジャン＝ミシェル・オラスの長期経営の後、2022年にアメリカの投資家ジョン・テクスターのイーグル・フットボール・グループが買収。マルチクラブ・オーナーシップの一環となったが、2024年11月にはDNCG（フランスサッカー財務監視機構）から財務不備によるリーグ2降格の警告を受ける事態に。選手売却で財務改善を図り、最終的に降格は回避された。

2016年に完成したパルク・オリンピック・リヨネ（通称グルパマ・スタジアム）は、収容人数59,186人を誇るフランス有数の近代的スタジアムである。リヨン郊外のデシーヌ＝シャルピューに位置し、EURO2016の会場にもなった。

旧本拠地のスタッド・ジェルランからの移転は、オラス前会長の悲願であり、クラブの財政基盤を強化する目的もあった。しかし新スタジアム建設に伴う負債が、皮肉にも後の経営危機の一因となった側面もある。

2024年11月のDNCG降格警告は、フランスサッカー界を揺るがした。マルチクラブ構想の下で膨らんだ負債と、期待されたテレビ放映権収入の減少が重なり、クラブの存続さえ危ぶまれた。冬の移籍市場でシェルキ、ミカウタゼらを売却して急場をしのいだ形だったが、主力の大量流出という代償も大きかった。

それでもリーグ6位でEL圏を確保し、若手育成の伝統が危機的状況でも機能することを証明した。アカデミーからはベンゼマ、トリッソ、デンベレら多数の代表クラスを輩出しており、この育成力がクラブ再建の最大の武器となっている。